為發(fā)展天然橡膠產(chǎn)業(yè),1951年9月成立云南省林墾處。1953年1月成立中央人民政府林業(yè)部云南墾殖局。同年10月,墾殖局及所屬機構(gòu)撤銷,成立云南特種林試驗指導所。1955年3月,特林所改為云南熱帶作物試驗指導所。1956年1月,成立云南省林業(yè)廳熱帶作物局。1957年3月,熱作局改為云南省農(nóng)墾局,接受中央農(nóng)墾部和省人委的雙重領導。1958年6月,省農(nóng)墾局下放云南省領導。1970年2月,組建云南生產(chǎn)建設兵團。1974年10月,兵團撤銷,改為云南省農(nóng)墾總局。1983年,成立云南省農(nóng)墾農(nóng)工商聯(lián)合企業(yè)總公司,保留省農(nóng)墾總局的行政職能,實行省部雙重領導,基本建設投資和統(tǒng)配物資由農(nóng)牧漁業(yè)部直供。1994年1月,組建云南農(nóng)墾總公司,加掛云南省農(nóng)墾總局牌子,實行兩塊牌子,一套人馬。1996年2月,組建云南農(nóng)墾集團,成立云南農(nóng)墾集團有限責任公司,加掛省農(nóng)墾總局牌子。2014年9月,云南省農(nóng)墾總局與云南農(nóng)墾集團有限責任公司實行政企分開,省農(nóng)墾總局為省政府直屬參照公務員法管理的正廳級事業(yè)單位。2016年6月,省農(nóng)墾總局更名為云南省農(nóng)墾局,為參照公務員法管理的正廳級事業(yè)單位。
墾區(qū)分布在昆明、保山、紅河、文山、普洱、西雙版納、德宏、臨滄8個州市的28個縣(市、區(qū)),有39個農(nóng)場,4所農(nóng)業(yè)科研機構(gòu)。截至2015年底,區(qū)域總?cè)丝?4萬人,從業(yè)人員12.6萬人,離退休人員6.7萬人。土地面積340萬畝,已開墾利用土地面積260萬畝,其中天然橡膠217.5萬畝。